Kháng nguyên ngoại sinh

Kháng nguyên ngoại sinh là kháng nguyên xâm nhập vào cơ thể từ bên ngoài, như do hít, ăn, tiêm. Bằng quá trình nhập nội bào hoặc thực bào, các kháng nguyên này được đưa vào tế bào trình diện kháng nguyên (APC) và được xử lý thành các mảnh nhỏ. Sau đó các APC trình diện các mảnh này cho tế bào T giúp đỡ (CD4+) bằng cách dùng phân tử phù hợp mô loại II trên bề mặt của chúng. Một số tế bào T đặc hiệu cho phức hợp peptide:MHC. Chúng trở nên hoạt hoá và bắt đầu tiết cytokine. Cytokine là các chất có khả năng hoạt hoá lympho bào T độc tế bào (CTL), tế bào B tạo kháng thể, đại thực bào và các tế bào khác.

Kháng nguyên nội sinh

Kháng nguyên nội sinh là các kháng nguyên được sản xuất bên trong tế bào, là kết quả của quá trình chuyển hoá tế bào không bình thường, hoặc do nhiễm khuẩn nội bào hay nhiễm virus. Sau đó, các mảnh kháng nguyên được trình diện trên bề mặt tế bào trong phức hợp phân tử phù hợp mô loại I. Nếu tế bào T CD8+ độc tế bào nhận ra chúng, các tế bào T này bắt đầu tiết các loại độc tố khác nhau gây ly giải hoặc chết theo chương trình (apoptosis) tế bào bị nhiễm. Để giữ tế bào độc tế bào khỏi giết nhầm các tế bào vốn chỉ sản xuất protein của chính nó, các tế bào T tự đáp ứng được loại ra khỏi quá trình miễn dịch qua cơ chế dung nạp trung ương (cũng được biết là quá trình chọn lọc âm tính xảy ra ở tuyến ức). Chỉ những lympho bào T độc tế bào nào không phản ứng với peptide của chính nó (peptide này được trình diện trong tuyến ức qua phân tử MHC loại I) mới được phép vào máu.

Có một ngoại lệ không thuộc ngoại sinh lẫn nội sinh, được gọi là trình diện chéo.